在《权利律法》引起争论的时候，刘浩然于龙凤二年十一月开始着手将行省司法机构独立出来。刘浩然一向认为司法独立是人类文明和政治体制的一大进步，所以他恢复前宋提点刑狱民事机构体制，改称为提刑按察司，主理行省刑名、诉讼事务，设提刑按察使五人，提刑按察副使九人，成为行省刑狱民讼、核准死刑的最高机构。刘浩然借口刑讼重事，关乎生死，不能以一人之意而左右，因此规定行省所有刑名诉讼必须交按察司审核，一般刑事案件，三名副使合议即可批复，重大刑事案件，必须五名以上副使合议，再由三名以上按察使合议方可批复，并拥有最后裁决权，凡行省丞相以下不得干涉审案判决。
并每一府设按察佥事若干名，分巡辖下各县，做为第二级司法机构，负责审核下一级刑事民事诉讼以及接受不服上诉者，百姓如对按察佥事审判不服，可再上诉行省按察司，由按察副使做出最终裁决。
每一县设判官三人，推官五人，负责地方刑事和民事诉讼，构成第三级司法机构。而整个按察司自成体系，无论俸禄经费、官吏升迁都是独立的，行省各级官府都无权干涉，而按察使、副使等法司官吏一般都是终身制，除非有失职渎职方可免职，而判官、推官一般都是三年期满就换地再任，以免在地方形成了利益关系而影响司法公正。
刘浩然建立独立完整的司法机构后，开始在吏治上下工夫。元廷败落，贪官污吏横行，搞得百姓民不聊生是很重要的一个原因。而整顿吏治，靠官吏自身的品德操守是行不通的，必须建立一整套完整的监督系统和完善的制度。司法体制的完善是一方面，刘浩然决心树立几个典型，鼓励百姓们敢于民告官，纠正他们民不与官斗的思想。
他让李善长找到一户百姓，许以重金，让他借口江宁学堂扩建时侵占了他的宅地，把主持操办此事的江南等处行中书省给告了。江宁判官接到诉讼不敢审判，交给了应天府按察佥事，按察佥事转手把这件案子交给了行省按察司，被按察使秦从龙接下来了。
消息传来，江宁一片哗然，《江南邸报》更是连续跟踪报道，将影响扩散到各地。
龙凤二年十二月，秦从龙在按察司公开审理此案，那名户主吕又四和行中书省丞相刘浩然分别做为原告和被告列席公堂之上，并有上千江宁百姓围观。在公堂之上，刘浩然只是默坐，而副参知政事汪广洋洋洋洒洒陈言，说占用宅地是为了扩建江宁学堂，为国为民，而且行省也愿意支付赔偿，所以请按察司判吕又四输。
吕又四在大庭广众之下表现得差强人意，半天说不出话类，被秦从龙一喝问，差点尿裤子，最后结结巴巴说宅地是祖传的
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